À Peñarrubias coexistent trois habitats différents [plateau steppique,  bois méditerranéen et rive de la rivière] auxquels on trouve, en plus de  leurs espèces caractéristiques, d’autres en péril d’extinction, dû à la  grande qualité de l’environnement.  Au plateau steppique on trouve des vastes cultures de céréales; dans les  bois, des chênes verts et des sabines, avec une grande diversité de  fourrés et des herbes autochtones; et dans la rive des espèces  caractéristiques comme le peuplier noir, le saule ou le frêne.  Il est courant de voir des couples de chevreuils à la tombée du jour, des  renards, des lièvres et des chèvres qui patent dans les falaises; des  écrevisses et de truites dans la rivière, et une grande diversité  d’espèces ornithologiques comme les rapaces [milan royal, buse variable,  vautour fauve et noir, percnoptère, busard cendré, buse…], les  passeriformes [pinson des arbres, chardonneret élégant, merle noir,  turdus, oriolus, cochevis huppé, bruant proyer, linotte mélodieuse …] et  autres [perdrix, monticole merle-bleu, guêpier d'Europe, pic épeiche,  héron cendré et beaucoup d’autres].  Avec un peu de chance et un bon œil, il est possible de voir aussi des  espèces plus rares comme le loup, le sanglier, le blaireau, le hibou  grand-duc, l’aigle royal, le martin-pêcheur …, et une sympathique famille  de loutres dans la rivière.  
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